27 december 2008

 

Naar een digitale workflow

Blogging on Peer-Reviewed ResearchSinds ik het artikel van Hull, Pettifer en Kell (2008) over de persoonlijke digitale bibliotheken van onderzoekers heb gelezen ben ik voor mezelf steeds meer met dat onderwerp bezig gegaan. In het vliegtuig was ik al eens aan een uitgebreide blogpost over dat artikel begonnen, en zat ik te balen over het feit dat ik het artikel niet in elektronische vorm bij de hand had. Ik had zoals de meeste wetenschappers doen, een PDF download naar de printer gestuurd, en ben dat artikel op een voor mij gelegen moment gaan lezen. In dit geval tijdens een intercontinentale vlucht van Europa naar de VS.

Aantekeningen had ik tijdens de vlucht op de PDF gekrabbeld. De metadata later naar mijn EndNote gedownload. Op een derde moment een PDF naar mijn notebook gedownload, en die weer gekoppeld aan de juiste EndNote beschrijving. Mijn grootste ei over dat artikel heb ik op mijn Engelse blog geplaatst. Nadien moest ik weer een keer met de papieren versie van de download aan de slag met mijn eigen aantekeningen omdat ik nog wat van de genoemde referenties wilde natrekken. Dus tijdens de vakantie in een off-line huisje in de Belgische Ardennen kwam de papieren versie weer tevoorschijn uit een stapel afgedrukte artikelen waar ik nog wat mee moest.

Ik vermoed dat veel van onze onderzoekers soortgelijke ervaringen kunnen delen. Het papieren en digitale spoor lopen nog steeds naast en door elkaar heen. Sommige dingen gaan digitaal, andere slechts op papier. Aan de informatieconsumptie kant steekt het papieren spoor nog veelvuldig zijn kop op. Terwijl aan de informatieproductie kant wel bijna volledig elektronisch wordt gewerkt. Al was het maar om de simpele rede dat de wordprocessor niet meer uit de wetenschappers toolbox weg te denken valt.

Als wetenschappelijke bibliotheek die voor onze gebruikers aan de informatieconsumptie kant van hun werkveld zit, hebben we nog niet volledig onze diensten bewezen als digitale bibliotheek. In onze eigen perceptie zijn wij een meestal al een digitale bibliotheek -misschien dat voor sommigen een hybride bibliotheek meer op zijn plaats is- maar in de praktijk van eindgebruiker, onderzoeker of student, treedt er ergens een wissel op van digitaal naar papier gebruik en komen onze klanten vaak in een soort papieren kloof terecht.

Om deze papieren kloof te overbruggen is het voor bibliotheken belangrijk om onze gebruikers bij te staan met de juiste gereedschappen. Waar we onze eindgebruikers allang hebben leren om te gaan met EndNote om metadata van artikelen die ze lezen te beheren, moeten we nog sterker in gaan zetten op dit soort producten (Refworks heeft vergelijkbare capaciteiten) om de PDF management capaciteiten van de citation managers beter te gebruiken. Onze buitenlandse MSc en PhD studenten gebruiken dit al meer dan de meeste vaste onderzoekers aan de universiteit.

Vervolgens is het belangrijk om onderzoekers kennis te laten maken met simpele (gratis) tools als PDF-XChange Viewer om de gedownloade PDFs van artikelen te kunnen annoteren, highligthen en wat dies meer zij. Het was door een post van Peter van Laarhoven dat ik kennis maakte met dit programma. Sinds ik het ben gaan gebruiken snap ik niet dat dit soort functionaliteiten niet in de standaard Acrobat reader ingebouwd is. Dat je voor het annoteren en merken van delen van tekst de veel duurdere Acrobat writer nodig hebt. PDF XChange Viewer, doet dit gratis en stelt je prachtig in staat je persoonlijke digitale bibliotheek te annoteren. Je eigen bibliotheek te verrijken en echt te personaliseren. Jouw persoonlijke digitale bibliotheek!

Waar ik voorheen altijd volstond met een link te leggen in mijn EndNote bibliografie van artikelen die ik had gelezen, ben ik sinds kort bezig om alle PDF's van de artikelen die ik heb gelezen binnen te halen. Ik zit al op 54 PDFs, nog maar 587 te gaan.

Alleen door zelf actief met dit soort dingen in de weer te zijn, kun je je gebruikers met praktische raad en daad van dienst zijn.

Nu alleen nog eens nagaan hoe we onze ICT collega's er van kunnen overtuigen dat PDF-XChange Viewer standaard op alle WUR-Clients geïnstalleerd moet worden om een volgende stap naar een digital workflow te kunnen maken.

Literatuur:
Hull, D., S.R. Pettifer & D.B. Kell (2008). Defrosting the Digital Library: Bibliographic Tools for the Next Generation Web. PLoS Computational Biology 4(10): e1000204. http://dx.doi.org/10.1371/journal.pcbi.1000204 (Open Access)

Labels: , ,


28 maart 2007

 

ISI Web of Knowledge consortium day in the Netherlands

Thomson Scientific paid a long overdue to visit to their Dutch library customers today. In quite a posh hotel in Utrecht they had organized a whole day meeting in cooperation with the consortium of Dutch University Libraries (UKB). A whole day! Was that really needed? Well for somebody who uses WoS on a nearly daily basis, it was a little bit over the top. However for some attendees from some colleges of higher education it was quite a good grounder in to the basics of WoS.
Along the way we picked up some interesting bits and pieces as well. Such as the fact that the coverage of journals by all three ISI databases has increased from 8700 scholarly journals to 9200 journals. Despite the extensive explanation of journal selection by editorial committees it was admitted that the number of French and Spanish language journals increased under pressure from library consortia in those geographical areas. Let's assume that they included only the top journals in those languages.
The unique author identification aids which have been available since the end of last year has now finally moved beyond the authors listed in ISIhighlycited only. Apparently this is now available for some 180,000 unique authors that have collected at least more than 1000 citations each. For the science commons we have to wait a little longer.
We also heard that the term "correcting for self citations" in the fairly recent (and impressive) citation reports is in fact a little misleading. Since it only corrects for the citations from the journals in the original search results. Should have worked that out for myself before, but it reminds me of the discussions we had with Elsevier on Scopus in Utrecht last year.
It was a pity that the basic grounder on general searches took so long, that we hardly covered cited references searches. It passed the screen a few times though. Interesting to not that the marketers from ISI still talked about the citation look up results, and then always wanted to loop up the full search of citing references. I mentioned to them that many researchers are actually only interested in the citation lookup results and want to have a simple and direct export function from those results into, for instance Excel. I was under the impression that my arguments didn't make a big impression really. So we will continue for some time with our users complaining about the difficulty of downloading the cited reference search look-up results in to some other software (excel preferably).
Another nice one, well hidden in the depths of WoS, is the possibility of RSS feeds in addition to the e-mail alerts. With the latter I was familiar with. But at a certain point my vanity searches expired and I didn’t bother to extend anymore. The nice thing about the RSS alerts is that they don't expire. You need to register with ISI though, I really wonder how many users have profiles on ISI. ISI couldn't tell. I wonder if that is included in the usage reports. Something to check at a later date.
In the afternoon there was some more attention for EndNoteWeb. What really amazed me is that there was no EndNoteX account required. Which somehow was the impression that I had from all their advertisements. My neighbour was under that impression as well, so I wasn't the only one. But apparently we can make an EndNote Web account because the university has an WoS license. Interesting to hear from the audience all kind of little problems that I experienced myself as well. Toolbar configuration problems, login in to some external databases (which was later confirmed as an existing bug). Well, personally I can't get really serious about EndNote Web, but perhaps useful for beginning users. I will grill it more thoroughly in the future though.
The best was saved for the end. We got a look at some mock-ups for the major overhaul of Web of Knowledge that is planned for July this year. The colours are army green and soft yellow. The main pages focus on cross-search, and simplified boxes on the first screens. The refine search options will move from the top to the left, and some refine options are shown more clearly (more like Scopus?) but still offer more options to refine than Scopus does at this moment. The busy menu that appears on the right hand side of the screen is either much quieter or disappears. Can't remember exactly anymore. Cited reference searches are still similar to what they are at the moment. They are not going to improve their indexing, they are not going to correct citations when the mistakes are obvious. In a few years time you have to remember that author names were once only 15 characters long, then 18, than included diacriticals and spaces, and at some point in the future will include first names on some occasions as well. I really wonder if you change indexing policies, you shouldn’t try to correct as much as possible the repercussions of this change for your historical data as well.
And in the end they will still carry the brand ISI, and the databases SCI, SSCI and A&H but that is for historical reasons only.

Update Ecobibl was er ook en heeft een verslag geplaatst.

Labels: , , , ,


02 maart 2007

 

Open letter to David M. Leslie Jr. and Meredith J. Hamilton

Dear David and Meredith

I just read with interest your article on standardized citation styles in Serials Review. I can't agree more with your article. You addressed the issue from the time spend on writing and correcting reference lists in and for journal articles.
Another compelling argument however, is missed impact because of erroneous citation scanning by institutes like Thomson Scientific (ISI) when they capture references for their Web of Science. And recently Elsevier, they have to do a similar job for their Scopus database. The scanning programs do a fair job, but errors do occur. We all know by looking at the cited reference search results lists in the Web of Science. These errors are partly caused by the many different instructions to authors stipulated by the thousands scholarly journals out there. Errors in citation data is missed impact, is reduced chances of promotion or scholarship etc....
The entry of Elsevier in the arena of citation data is therefore interesting. On the one hand they have to recognize all the different reference styles because they publish electronic journals and want to link out to the full text wherever possible, secondly they want to capture citation data for their Scopus database. As a publishers of some 1800 different titles, with probably about 1800 different instructions to authors the are the most influential party to take steps on your idea on standardizing these rules.
Another interest I have in this matter, as a subject librarian we train students and staff to use EndNote. EndNote X comes with some 2,500 different journal styles, whereas we as a library subscribe to some 10,000 different titles. Chances are small that an EndNote style is already available for a specific journal. Of course you can compose your own styles. We do that quite often. But it is a frustrating experience. Instructions to authors often diverge from the actual reference list in the journal, they are often incomplete. And indeed, they don't match the modern metadata standards.

Yours sincerely
Wouter Gerritsma

PS, I will post this on my blog (http://www.wowter.nl/blog) so Elsevier can read it as well.


Reference
David M. Leslie Jr. and Meredith J. Hamilton, (2007). A Plea for a Common Citation Format in Scientific Serials, Serials Review, 33(1): 1-3.
http://dx.doi.org/10.1016/j.serrev.2006.11.009 (Subscription required)

In humour: Serials review is an Elsevier imprint.

Labels: , , , , , ,


02 januari 2007

 

New reference management software for mac lovers

I am an avid user of EndNote. At our library we even run a string of courses to teach te beginnings or the nitty gritty of the EndNote program. It is a real pity that mastering even the basics of EndNote requires some set courses. But my real complaint with EndNote is the continuous stream of updates. I wish these continuous updates stopped. Although I am the first to admit that the program needs some serious improvements, certainly with te current EndNote Web, which I still don't grasp entirely.
Once I pointed already to Zotero a free web based reference manager. I liked it, but I still kept on using EndNote. Found EndNote the more versatile of these two programmes. And the 2000+ journals styles is also an attraction.
If only publishers reduced, formalized and equalized their instructions to authors for the journals in their portfolio, that would be a big relief. Elsevier perhaps?
Today RSS pointed met to a new (Mac) program, Papers, that will be released soon. From the screenshot it looks real cool. Albeit I get the impression that the accent is on the article management and resource discovery, and less in the assistance of inclusion of references in papers or reports. That is really one of the strong points of EndNote. The screenshot looks so nice that I am really interested to find te odd Mac users at our university to give this program a try.

Hattip: Sidi

Labels: , , , ,


12 december 2005

 

Social bookmarking aan de Universiteit

De Nature Publishing Group is druk bezig om te experimenteren met Connotea. Deze dienst richten zij expliciet op de academische wereld, het is Nature natuurlijk. Ik blogde er vorige maand al eens over. Nu kreeg in het laatste issue van Library Hi Tech een artikel uit de keuken van Yale University (Chunov et al., 2005). Ook daar zijn ze heel druk met het opzetten van een social bookmarking omgeving voor academici. Unalog heet het systeem bij Yale. Allemaal mooi, en heel erg del.icio.us, alleen erg veel verschillend is het tot nu toe nog niet.

Waar zowel Connotea als Unalog aan voorbij gaan is dat een bookmarking systeem als dit alleen maar waarde heeft wanneer wetenschappers er ook hun artikelen en gelezen boeken in bij kunnen houden. Er zijn echter hordes wetenschappers die al jarenlang trouw gebruik maken van programma’s als EndNote ProCite en ReferenceManager of sinds kort Refworks om de literatuur bij te houden. De kracht van deze programma’s ligt niet zo zeer in het delen van wat ze gelezen hebben, maar vooral in het naadloos integreren van referenties in literatuurlijstjes bij artikelen of rapporten die ze schrijven. Er is echter wel degelijk vraag naar de mogelijkheden om deze prive bibliografien te delen. Sommige van die wetenschappers bouwen bibliotheekjes met duizenden referenties!

Nu zijn er twee scenario’s mogelijk, de Connotea’s en Unalogs ontwikkelaars gaan als de wiedeweerga voor elkaar boxen dat artikelen en boeken nadeloos opgenomen kunnen worden, en geexporteerd kunnen worden als goed geformatteerde literatuurlijstjes. Dan is er een academische markt te winnen voor deze initiatieven. In het artikel van Chunov wordt daar voor Unalog op gehind. Of ISI (de makers van EndNote, ReferenceManager en Procite) en Refworks, realiseren zich het belang van de social bookmarking beweging, en gaan hun programma’s daarvoor geschikt maken. Ik zou dat laatste toejuichen. Ik geef ze de betere papieren omdat er al zoveel collecties verzameld zijn die er om schreeuwen gedeeld te gaan worden, en zij al weten hoe je al die dekselse referentielijstjes moet formateren. Overigens komt mijn gelezen-lijst ook uit EndNote.

Literatuur
Chudnov, D., J. Barnet, R. Prasad & M. Wilcox (2005). Experiments in academic social bookmarking. Library Hi Tech 23(4): 469-480. http://dx.doi.org/10.1108/07378830510636274. (abonnement nodig)

Technorati tags: , ; ; ; ;

Labels: , , , ,


23 november 2005

 

Instructions to authors

Er zij twee groepen met mensen die deze korte titel begrijpen. Zij die wel eens een wetenschappelijk artikel gepubliceerd hebben, of zij die wel eens referentielijsten verzorgd hebben voor een wetenschappelijke publicatie. Ik zit in beide kampen, maar blog vooral hierover omdat ik in een team zit die aan mijn Universiteit EndNote ondersteunt. Een prachtig programma om literatuurlijstjes te maken. Mijn lijst met gelezen artikelen komt ook uit EndNote rollen. Voor onderzoekers verlenen wij ondersteuning omdat we voor sommige tijdschriften een EndNote style op stellen. Eigenlijk is dat een nachtmerrie. Gedetailleerd lezen van de ‘instuctions to authors’ vergelijken met recente referentie lijstjes levert altijd discrepanties op. Dan zit je met de vraag hoe moet je nu echt naar een conferentie bijdrage verwijzen, of hoe zit het nu met dit boekhoofdstuk? Op deze manier heb ik menig mailtje naar editors van tijdschriften gestuurd om vooral te vragen duidelijker te zijn in de ‘instructions to authors’. Daarom is de ondersteuning voor het maken van EndNote styles altijd een moeizame aangelegenheid geweest. Heel blij zijn we daarom met Wiley, dat EndNote styles voor al hun tijdschriften beschikbaar stelt.

Het was pas toen ik Jacsó, (2005) zijn artikel las dat ik me realiseerde dat daar verbetering in moest komen. Vooral omdat citatie-analyse in toenemende mate een rol speelt in de beoordeling van wetenschappelijk onderzoek. Om deze methode beter te maken moet de kwaliteit van de databases waarmee we dit doen vergroot worden. Zowel de kwaliteit als de kwantiteit moet, en kan beter. Tot op heden heeft ISI (Tompson Scientific) het primaat op citatiedata. Elsevier kwam vorig jaar met een concurrerend product, Scopus genaamd, en vervolgens Google Scholar (Schoogle, zoals ik het lelijke eendje weleens liefkozend noem) dat ook citatiedata heeft. Volgens Jacsó moeten we aan de laatste geen woorden vuil maken, maar daar ben ik het niet helemaal mee eens.

Maar wat is nu het probleem met citatiedata?
Onderzoekers, schrijvers, etc., maken (vaak) fouten bij het typen van referentielijsten. Deels omdat ‘instructions to authors’ niet duidelijk zijn, inconsequent zijn, of fouten bevatten. Maar er worden vooral fouten gemaakt omdat ieder zichzelf respecterend tijdschrift zijn eigen specifieke 'Instruction to authors' heeft. Er zijn waarschijnlijk tussen de 24,000 en 50,000 peer reviewed wetenschappelijke tijdschriften (Tenopir, 2004) en allemaal met hun eigen ‘instructions to authors’. Dat is dus lastig voor die onderzoekers om goed te doen.

De tweede bron met fouten zit in het scannen en herkennen van de citatielijstjes door de makers van de citatie databases. Schoogle natuurlijk als ultiem voorbeeld van hoe het mis kan gaan, maar ook ISI en Scopus hebben hier moeite mee. Voor ieder tijdschrift hebben ze weer een ander algoritme nodig om het citatielijstje te kunnen ontcijferen. Er staat niet voor elke referentie om wat voor soort (boek, artikel, conferentie of website) referentie het gaat. Nee, de software moet het allemaal maar oplossen. Daarnaast willen de 6 en 8 (in geval van pagina’s) wel eens op elkaar lijken. Kortom volop bronnen van fouten.

De sleutel voor het oplossen van dit probleem is nu binnen handbereik en ligt bij Elsevier. Zij zijn betrokken bij de totstandkoming van 1600 peer reviewed wetenschappelijke tijdschriften, en sinds een jaar de markt op met een bibliografische database die ook citatiedata bevat. Deze dubbelrol moeten zij zich eens ernstig gaan overwegen. Waarom zouden zij niet één duidelijke, recht toe recht aan, ‘instructions to authors’ kunnen afgeven die voor alle Elsevier tijdschriften geldt! Ze maken het de auteurs makkelijker en vervolgens ook zichzelf. Ze zetten daarmee in elk geval de juiste toon. Wanneer meer uitgevers dat voorbeeld zouden volgen, verbeterd daarna de kwaliteit van de citatiedata vanzelf.

Literatuur
Jacsó, P. (2005). As we may search - Comparison of major features of the Web of Science , Scopus, and Google Scholar citation-based and citation-enhanced databases. Current Science 89(9): 1537-1547. http://www.ias.ac.in/currsci/nov102005/1537.pdf.
Tenopir, C. (2004). Online scholarly journals: How many? Library Journal 129(2): 32. http://www.libraryjournal.com/index.asp?layout=articlePrint&articleID=CA374956.

Technorati tags: ;

Labels: , , ,


This page is powered by Blogger. Isn't yours?